Découvrez les lauréats de notre dernier appel à projets 2026-1
Post-DoctoraT
Projet: Apport de la fragmentomique de l’ADN tumoral circulant dans le cancer du pancréas métastatique
Équipe:
« Médecine Personnalisée, Pharmacogénomique, Optimisation thérapeutique », Centre de Recherche des Cordeliers
Résumé grand public:
Le cancer du pancréas est l’un des cancers les plus agressifs et difficiles à traiter. Il progresse souvent sans symptômes visibles, ce qui entraîne un diagnostic tardif et un taux de survie très faible, inférieur à 10 % après cinq ans. Les traitements actuels reposent sur la chimiothérapie, avec des protocoles comme le FOLFIRINOX ou la combinaison Gemcitabine/nab-Paclitaxel. Cependant, il est difficile de prédire à l’avance qui y répondra favorablement. Pour améliorer la prise en charge, les chercheurs développent de nouveaux outils permettant d’identifier les patients les plus susceptibles de répondre à un traitement donné. L’une des approches récentes repose sur la fragmentomique de l’ADN tumoral circulant (ADNtc), c’est-à-dire l’analyse des petits fragments d’ADN libérés dans le sang par les cellules cancéreuses. Cette technique pourrait aider à mieux comprendre la signature génétique des tumeurs et ainsi guider le choix du traitement de manière plus personnalisée. L’objectif du projet est d’étudier l’apport de cette technique dans le cancer du pancréas métastatique, en analysant des échantillons de sang collectés avant traitement dans plusieurs études cliniques. Grâce à des méthodes avancées de séquençage et d’analyse informatique, nous espérons identifier des signatures capables de prédire l’efficacité des traitements. À terme, ces travaux pourraient permettre d’adapter le traitement à chaque patient, améliorant ainsi les chances de succès et limitant les effets secondaires.
Projet : Transposable element-informed immunopeptidome of splicing factor-mutated myeloid neoplasms by single cell proteomics
Équipe :
« Hématopoïèse normale et pathologique », Institut Cochin
Résumé grand public:
Les syndromes myélodysplasiques (MDS) sont des maladies préleucémiques touchant la moelle osseuse par l’accumulation de mutations dans un environnement immunitaire altéré par le vieillissement. Aucun traitement curatif n’est disponible en dehors de la greffe de moelle osseuse. Certaines mutations produisent des protéines nouvelles en incorporant des acides aminés issus de régions habituellement silencieuses du génome. Nous nous proposons d’identifier ces protéines nouvelles, de déterminer si elles sont immunogènes c’est-à-dire si elles peuvent induire une réponse immunitaire de la part de lymphocytes qui les reconnaitraient spécifiquement comme le non-soi. Nous allons inclure dans cette étude les échantillons de moelle osseuse de patients qui ont donné leur consentement à la recherche et qui portent les mutations les plus à même de produire les nouvelles protéines. Puis nous confirmerons la présence des nouvelle protéines grâce à une technique innovante de protéomique à l’échelle de la cellule unique et enfin nous rechercherons les cellules immunitaires qui reconnaissent ces protéines pour les caractériser. Sont-elles activées ou inhibées ? L’enjeu est le développement d’une immunothérapie ciblée qui pourrait être mise en oeuvre à l’issue denos travaux au sein de groupes coopérateurs cliniques français et européen.
Projet: Deciphering resistance to anti-angiogenic treatments in an engineered perfused vascularised ccRCC spheroid-on-chip model
Équipes:
« Inflammation, Complément et Cancer », Centre de Recherche des Cordeliers
Résumé grand public:
Le carcinome du rein à cellules claires est la forme la plus fréquente de cancer du rein. Il se caractérise par un réseau vasculaire sanguin très dense qui alimente la tumeur. Bien que plusieurs traitements ciblant les vaisseaux soient aujourd’hui utilisés, notamment les inhibiteurs de tyrosine kinases (TKI), leur efficacité est pour de nombreux patients qui développent une résistance au traitement. Nos travaux récents ont permis d’identifier dans les tumeurs rénales des structures vasculaires aberrantes. Certaines, que nous avons appelées étangs, prennent la forme de larges cavités contenant du sang, tandis que d’autres, que nous avons appelées feuillets, sont longues, fines et aplaties. Ces structures aberrantes pourraient favoriser la progression de la tumeur primaire, la dissémination métastatique et la résistance aux traitements. Afin de comprendre leur rôle, nous avons développé un modèle tridimensionnel reproduisant en laboratoire les interactions entre cellules tumorales, cellules des vaisseaux sanguins et fibroblastes, des cellules de soutien présentes dans les tumeurs. Ce premier modèle a permis de reproduire les étangs, mais il ne reproduit pas la totalité du réseau vasculaire observée chez les patients étant incapable de générer les feuillets. Le projet, à l’interface entre l’ingénierie, la biologie et la clinique vise à développer un modèle innovant utilisant des technologies microfluidiques permettant d’établir un réseau microvasculaire perfusé au contact de sphéroïdes tumoraux. Nous étudierons comment les forces mécaniques, la pression des fluides et les fibroblastes influencent la formation des étangs et des feuillets et leur sensibilité aux traitements TKI actuellement utilisés contre le cancer du rein. Ce modèle fournit une alternative innovante à l’expérimentation animale et permettra de mieux comprendre pourquoi certains patients sont résistants aux traitements. Il pourra également servir à tester de nouvelles stratégies thérapeutiques et, à plus long terme, contribuer au développement d’approches plus personnalisées pour les patients atteints de cancer du rein.
AIDE AU FINANCEMENT D’UNE FIN DE THÈSE
Projet: Le GABA intestinal dans le syndrome métabolique et l’immunosupression associés au cancer
PIs: Guido Kroemer & Maria Castedo
Équipe:
« Métabolisme, Cancer et Immunité», Centre de Recherche des Cordeliers
Résumé grand public:
Le cancer du poumon est le deuxième cancer le plus fréquent chez l’homme et le troisième chez la femme. Le cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC) représente 80% des cancers du poumon chez l’Humain. Il est souvent détecté à un stade avancé et le taux de survie à 5 ans est faible, en raison d’une mauvaise réponse aux thérapies anti-cancéreuses, dont les immunothérapies font partie. Aujourd’hui, il est essentiel d’en identifier les causes et de trouver des stratégies permettant d’y remédier. Récemment, nous avons obtenu des données indiquant que la réponse aux immunothérapies chez des patients atteints de CBNPC est lié à une altération de la composition du microbiote intestinal impliqué dans la métabolisation d’un acide aminé. On observe notamment une association entre la présence de bactéries intestinales impliquées dans la dégradation de ce métabolite et une augmentation de la survie chez les patients atteints de CBNPC et traités avec des immunothérapies. Mon sujet de thèse vise à comprendre le rôle de cet acide aminé dans des modèles murins de CBNPC et à identifier des moyens de contrer ses effets. Pour cela, j’étudie les interactions entre métabolisme, cancer et immunité. Au cours des trois premières années de thèse, j’ai démontré que cet acide aminé favorise la croissance tumorale et réduit l’efficacité des immunothérapies. Cet effet peut être contrecarré par l’administration d’une bactérie impliquée dans sa dégradation, qui diminue la croissance tumorale et améliore la survie des souris. La quatrième année de thèse sera consacrée à l’étude approfondie du potentiel thérapeutique de cette bactérie, afin d’évaluer son utilisation comme probiotique et d’identifier de nouveaux marqueurs métaboliques pronostiques et/ou prédictifs de la réponse aux traitements. À terme, ces résultats pourraient améliorer la prise en charge des patients atteints de CBNPC.
MASTER 2 RECHERCHE
Projet: Approches protéomiques pour caractériser les mécanismes moléculaires sous-jacents à l’essentialité de certaines E3-ligases dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules porteurs de mutations somatiques de NF1.
PIs: Jean-Stéphane Giraud & Camille Tlemsani
Équipe:
« Génomique et épigénétique des tumeurs rares», Institut Cochin
Résumé grand public:
Les adénocarcinomes pulmonaires sont un type fréquent de cancer du poumon, souvent diagnostiqués à un stade avancé. Leur prise en charge a été transformée par la découverte de mutations intratumorales. Des traitements ciblant ces mutations ont permis une amélioration de la survie. Toutefois, environ 50 % des patients n’ont encore accès à aucune thérapie ciblée efficace. C’est le cas des patients dont la tumeur présente une altération du gène NF1, un gène dit « suppresseur de tumeur » dont la fonction normale est de freiner la croissance des cellules cancéreuses. Mon équipe d’accueil a mis en évidence que 15% des adénocarcinomes bronchiques présentent une mutation de NF1 et a développé des modèles cellulaires de cancer pulmonaire muté NF1. Mon équipe s’est ensuite intéressée à identifier des traitements pour ces patients. Pour cela, ils ont eu recours à une stratégie innovante appelée la « létalité synthétique » : l’idée est de trouver un second gène qui, lorsqu’il est inactivé en même temps que NF1, entraîne la mort sélective des cellules cancéreuses, sans affecter les cellules saines. Cette approche, rendue possible grâce à des technologies d’édition du génome (CRISPR-Cas9), leur a permis d’identifier cinq gènes candidats prometteurs, tous impliqués dans un système cellulaire essentiel : le système ubiquitine-protéasome, qui joue le rôle d’une « poubelle » chargée d’éliminer les protéines défectueuses ou en excès dans la cellule. Pour mieux comprendre pourquoi ces gènes deviennent indispensables à la survie des cellules tumorales lorsque NF1 est muté, nous allons analyser l’ensemble des protéines et le processus de dégradation protéique « d’ubiquitination » à l’oeuvre dans des cellules pulmonaires avec ou sans mutation de NF1 par « spectrométrie de masse ». À terme, ces travaux pourraient ouvrir la voie à de nouveaux traitements ciblés pour les patients atteints d’adénocarcinomes bronchiques porteurs d’une mutation NF1.