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Implémentation de biomarqueurs en clinique –
du marqueur unique au marqueur composite

COORDONATEURS
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Laure Fournier, MD, PhD
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Franck Pagès, MD, PhD

Ce programme vise à implémenter dans les soins courants les biomarqueurs susceptibles de modifier la prise en charge des patients atteints de cancer. L’intégration des analyses multidimensionnelles issues du programme 1 (omiques, imagerie…) avec les données du soin sera réalisée grâce à la création d’une base de données intégrative (C-MOT). Il permettra de valider des outils d’aide à la décision clinique en utilisant l’ensemble des données produites. Cette validation couvrira à la fois les aspects analytiques et cliniques, pour atteindre les exigences réglementaires qui permettent la validation de l’utilité clinique au travers d’essais cliniques. Ce programme offrira la possibilité aux industriels du diagnostic de valider leurs tests dans les conditions de la vie réelle.

L’application des résultats obtenus par la recherche translationnelle dans la pratique clinique courante est aujourd’hui un réel défi. Par l’expérience des 2 premiers programmes CARPEM, nous avons pu identifier des obstacles à la mise en œuvre de la médecine de précision, dont notamment l’absence de base de données intégrative qui permette à la fois de collecter, structurer et analyser l’ensemble des données issues du soin et de la recherche. L’intégration des analyses multi-échelles réalisées dans les équipes de recherche du CARPEM (IRP1) aux données de soins apparaît alors essentielle pour permettre la validation de l’utilité clinique des biomarqueurs identifiés par le biais d’essais cliniques.

Ce projet bénéficiera de l’expertise des équipes du CARPEM dans le développement de biomarqueurs basés sur différentes techniques : génomique, analyse transcriptomique, ADN tumoral circulant, immunohistochimie ou encore radiomique, dans différents types de tumeurs1.

1Jouinot et al. Eur J Endocrinol. 2022,, Neou et al. Cancer Cell 2020, Assié et al. JAMA Oncol 2019, Liu P Nature Comm 2019, Bondu et al. Sci Transl Med 2019, Karaki et al. J Immunother Cancer 2021, Italiano et al. Nature Medicine 2021, Petitprez et al. Nature 2000, Marisa et al. Clin Cancer Res, 2022, Vano et al. Lancet Oncol 2022, Beinse et al. Br J Cancer 2022, Meylan et al. Immunity 2022, Zhao et al. Clin Cancer Res 2021, Laurent-Puig et al. Clin Cancer Res 2020, Beinse et al. Clin Chem 2022, Taieb et al. Clin Cancer Res 2021, Bachet Clin Cancer Res 2020, Rossignol et al. iScience. 2022, Pages et al. Lancet 2018, Pages et al. Ann Oncol 2020, Rousseau B et al. Cancer Discov 2022, Decroocq et al. Leukemia 2022, Roblot et al. Eur Radiol 2022, Fournier et al. Eur Radiol 2021, Lussey-Lepoutre et al. Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2020, Touzart et al. Sci Transl Med 2021

Ce programme de recherche est divisé en 4 workpackages.

WP4 « Structuration et implémentation du C-MOT ». Ce workpackage est dédié au déploiement de la base de données intégrative (C-MOT), dans le respect de la législation en vigueur. Le C-MOT augmentera l’attractivité de notre réseau CARPEM pour développer des programmes de recherche collaboratifs (inter-SIRIC, partenariats industriels …).

WP5 « Validation des biomarqueurs identifiés par le CARPEM ». Ce workpackage vise à confirmer et à étendre la validation des biomarqueurs précédemment ou nouvellement identifiés par le CARPEM (à des fins de diagnostic, pronostic, criblage thérapeutique ou prédiction de la réponse au traitement) sur de larges cohortes de patients.

WP6 « Validation Analytique des markers identifiés pour répondre à la règlementation en vigueur pour les tests diagnostiques ». Ce workpackage vise à réaliser une validation analytique des biomarqueurs identifiés. La validation des essais analytiques, consiste à évaluer les caractéristiques de performance, telles que la précision, l’exactitude, la limite de détection et la robustesse. La procédure de qualification des biomarqueurs a été mise en place par l’Agence européenne des médicaments.

WP7 « Implémentation des marqueurs dans la pratique clinique courante et les essais cliniques pour valider leur utilité clinique ». Ce workpackage est dédié à la mise en œuvre des biomarqueurs validés dans les WP5 et WP6 dans la pratique clinique courante à l’Institut du Cancer Paris CARPEM.