{"id":32929,"date":"2026-01-12T16:07:21","date_gmt":"2026-01-12T15:07:21","guid":{"rendered":"https:\/\/carpem.fr\/resultats-de-laap-2025\/"},"modified":"2026-01-19T14:56:11","modified_gmt":"2026-01-19T13:56:11","slug":"resultats-de-laap-2025","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/carpem.fr\/en\/resultats-de-laap-2025\/","title":{"rendered":"Results for AAP Emergence &#038; Innovation 2025"},"content":{"rendered":"<div class=\"wpb-content-wrapper\"><p>[vc_row][vc_column][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]D\u00e9couvrez les laur\u00e9ats de notre dernier appel \u00e0 projets 2025[\/vc_column_text][vc_separator border_width=&#8221;3&#8243;][vc_column_text]<\/p>\n<h4><strong>\u00c9MERGENCE ET INNOVATION<\/strong><\/h4>\n<p>[\/vc_column_text][vc_tta_accordion active_section=&#8221;1&#8243;][vc_tta_section title=&#8221;D\u00e9terminants spatiaux associ\u00e9s \u00e0 la r\u00e9sistance \u00e0 l\u2019immunoth\u00e9rapie dans les tumeurs r\u00e9nales et m\u00e9canismes sous-jacents&#8221; tab_id=&#8221;1710168775116-f1b3f089-0acd&#8221;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Pr C. Saut\u00e8s-Fridman &amp; Pr S. Oudard<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipe<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00ab Inflammation, Complement and Cancer \u00bb, Centre de Recherche des Cordeliers<br \/>\n<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p class=\"p1\">Les traitements d\u2019immunoth\u00e9rapie ont r\u00e9volutionn\u00e9 la prise en charge de nombreux cancers en r\u00e9activant les d\u00e9fenses immunitaires du patient contre sa tumeur. Cependant, seulement une partie des patients en b\u00e9n\u00e9ficient pleinement. Une analyse incluant 18 types de cancer, y inclus le cancer du rein, montre que, m\u00eame lorsque la tumeur contient des structures immunitaires sp\u00e9cialis\u00e9es appel\u00e9es structures lympho\u00efdes tertiaires (TLS)\u2014habituellement associ\u00e9es \u00e0 une bonne r\u00e9ponse\u2014pr\u00e8s de 60 % des patients ne r\u00e9pondent pas. Comprendre pourquoi ces patients \u00e9chappent malgr\u00e9 tout \u00e0 l\u2019immunoth\u00e9rapie est essentiel pour am\u00e9liorer leur prise en charge.<\/p>\n<p class=\"p1\">Nos recherches ont mis en \u00e9vidence un m\u00e9canisme totalement inattendu : certaines tumeurs produisent en grande quantit\u00e9 un neurotransmetteur appel\u00e9 GABA, connu pour son r\u00f4le dans le cerveau. Nous avons d\u00e9couvert que ce GABA, produit majoritairement par les cellules tumorales, perturbe le fonctionnement des TLS, bloque l\u2019activit\u00e9 des cellules B et T, et emp\u00eache ainsi l\u2019immunoth\u00e9rapie d\u2019agir efficacement. Ce ph\u00e9nom\u00e8ne a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 non seulement dans le cancer du rein, mais aussi dans des cancers du poumon, de l\u2019ovaire et des sarcomes.<\/p>\n<p class=\"p1\">Le projet propos\u00e9 vise \u00e0 comprendre pr\u00e9cis\u00e9ment comment le GABA d\u00e9riv\u00e9 des cellules tumorales impacte les TLS. Pour cela, nous analyserons des tumeurs de patients r\u00e9pondeurs et non r\u00e9pondeurs gr\u00e2ce \u00e0 une technologie tr\u00e8s avanc\u00e9e de profilage spatial, appel\u00e9e Xenium, qui permet d\u2019observer cellule par cellule l\u2019expression des g\u00e8nes directement dans le tissu. Cette approche offrira une cartographie fine des interactions entre les cellules tumorales et les cellules immunitaires.<\/p>\n<p class=\"p1\">L\u2019objectif final est de d\u00e9finir de nouvelles strat\u00e9gies th\u00e9rapeutiques pour bloquer l\u2019effet du GABA dans les tumeurs et restaurer l\u2019efficacit\u00e9 de l\u2019immunoth\u00e9rapie. \u00c0 terme, ce projet pourrait permettre d\u2019augmenter significativement le nombre de patients b\u00e9n\u00e9ficiant des traitements actuels et d\u2019am\u00e9liorer leur survie<\/p>\n<p>[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][vc_tta_section title=&#8221;D\u00e9veloppement d\u2019une approche de multiplexage spectral 2D et 3D sur confocal Stellaris pour l\u2019analyse spatiale des tissus complexes&#8221; tab_id=&#8221;1710168775116-369d7eaf-a5df&#8221;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Dr C. Maiuri, Dr A. Gougelet<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipe \/ Plateforme<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00ab Plateforme CHICS &amp; Equipe ONCOLIV \u00bb, Centre de Recherche des Cordeliers<br \/>\n<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p>Non disponible[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][vc_tta_section title=&#8221;Unlocking Post-Transcriptional Biomarkers and Vulnerabilities in Cancer Using POSTCODE: Proof-of-Concept in AML and Colorectal Cancer&#8221; tab_id=&#8221;1747209279219-f12ff361-d4fc&#8221;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Dr I. Boussa\u00efd<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipe<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00abNormal and pathological hematopoiesis<\/em><em>\u00bb, Institut Cochin<br \/>\n<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p class=\"p1\">La leuc\u00e9mie my\u00e9lo\u00efde aigu\u00eb (LAM) et les cancers du c\u00f4lon de stade III sont des maladies dont l\u2019\u00e9volution reste difficile \u00e0 pr\u00e9dire. Les approches classiques, bas\u00e9es sur l\u2019ADN ou l\u2019ARN, n\u2019expliquent pas toujours pourquoi certains patients rechutent ou r\u00e9sistent aux traitements. Pour r\u00e9pondre \u00e0 cette limite, nous avons d\u00e9velopp\u00e9 POSTCODE, un outil unique au monde capable d\u2019identifier des anomalies de r\u00e9gulation post-transcriptionnelle directement \u00e0 partir de donn\u00e9es de prot\u00e9omique, c\u2019est-\u00e0-dire en analysant comment la cellule transforme ses ARN en prot\u00e9ines.<\/p>\n<p class=\"p1\">Nos travaux r\u00e9cents ont montr\u00e9 que certaines LAM agressives, en particulier celles portant une anomalie du g\u00e8ne MLL (MLLr), perdent un m\u00e9canisme essentiel de contr\u00f4le de l\u2019ARN appel\u00e9 P-bodies, ce qui pourrait contribuer \u00e0 leur r\u00e9sistance th\u00e9rapeutique. Nous avons \u00e9galement r\u00e9alis\u00e9 un criblage in\u00e9dit de plus de 1 700 m\u00e9dicaments, permettant pour la premi\u00e8re fois d\u2019identifier des mol\u00e9cules capables de restaurer ou perturber ces m\u00e9canismes, ouvrant ainsi une nouvelle voie pour des th\u00e9rapies cibl\u00e9es.<\/p>\n<p class=\"p1\">Le projet POSTCODE-PROOF vise \u00e0 confirmer ces d\u00e9couvertes sur 40 patients atteints de LAM et \u00e0 tester exp\u00e9rimentalement 10 m\u00e9dicaments prometteurs sur les formes MLLr. Mais le projet va plus loin : gr\u00e2ce \u00e0 une collaboration avec le Pr Pierre Laurent-Puig, nous analyserons \u00e9galement 40 cancers du c\u00f4lon de stade III, dont certains ont rechut\u00e9 et d\u2019autres non. Cette approche permettra de v\u00e9rifier si les d\u00e9r\u00e9gulations post-transcriptionnelles observ\u00e9es dans la LAM jouent aussi un r\u00f4le d\u00e9terminant dans l\u2019\u00e9volution des tumeurs solides. \u00c0 terme, ce projet pourrait conduire \u00e0 de nouveaux outils pronostiques capables d\u2019anticiper les rechutes, et \u00e0 des strat\u00e9gies innovantes pour cibler directement les m\u00e9canismes post-transcriptionnels dans plusieurs types de cancers.<\/p>\n<p>[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][vc_tta_section title=&#8221;Caract\u00e9risation g\u00e9nomique et \u00e9pig\u00e9nomique des LBL-T\/LAL-T R\/R et des LCM R\/R gr\u00e2ce au d\u00e9veloppement de la technologie de s\u00e9quen\u00e7age long read Nanopore&#8221; tab_id=&#8221;1747209720286-975b7ddf-f432&#8243;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Dr A. Touzart<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipe<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00ab Diff\u00e9renciation Lympho\u00efde Normale et Pathologique \u00bb, INEM<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p class=\"p1\">Les cancers du sang \u00e9tudi\u00e9s dans ce projet \u2014 les leuc\u00e9mies et lymphomes lymphoblastiques T et le lymphome \u00e0 cellules du manteau \u2014 sont des formes agressives. Malgr\u00e9 des traitements lourds et des progr\u00e8s importants, une proportion notable de patients ne r\u00e9pondent pas bien \u00e0 la chimioth\u00e9rapie et rechutent tr\u00e8s t\u00f4t. Pour ces personnes, les chances de survie sont malheureusement tr\u00e8s faibles. Une des raisons principales est que nous comprenons encore mal les m\u00e9canismes biologiques qui rendent certaines tumeurs particuli\u00e8rement r\u00e9sistantes aux traitements.<\/p>\n<p class=\"p1\">Nous proposons d\u2019utiliser une technologie de s\u00e9quen\u00e7age de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration, appel\u00e9e Oxford Nanopore, qui permet de lire de tr\u00e8s longues mol\u00e9cules d\u2019ADN en tr\u00e8s longues mol\u00e9cules. Contrairement aux m\u00e9thodes classiques, cette approche peut identifier simultan\u00e9ment toutes les anomalies pr\u00e9sentes dans la tumeur : mutations, r\u00e9arrangements du g\u00e9nome, pertes ou gains de r\u00e9gions chromosomiques, mais aussi modifications \u00e9pig\u00e9n\u00e9tiques comme la m\u00e9thylation de l\u2019ADN, qui influence l\u2019activit\u00e9 des g\u00e8nes. Le tout peut \u00eatre obtenu en une seule exp\u00e9rience, m\u00eame \u00e0 partir d\u2019\u00e9chantillons anciens conserv\u00e9s en blocs de paraffine (FFPE), ce qui est tr\u00e8s utile en pratique clinique. Dans ce projet, nous s\u00e9quencerons 100 \u00e9chantillons provenant de patients r\u00e9fractaires ou ayant bien r\u00e9pondu aux traitements. L\u2019objectif est de comparer pr\u00e9cis\u00e9ment le g\u00e9nome et l\u2019\u00e9pig\u00e9nome des tumeurs r\u00e9sistantes pour comprendre ce qui les rend plus agressives. \u00c0 terme, cela permettra d\u2019identifier de nouveaux marqueurs biologiques capables de pr\u00e9dire la r\u00e9ponse aux traitements d\u00e8s le diagnostic, et d\u2019adapter les th\u00e9rapies en fonction du profil mol\u00e9culaire de chaque patient. Ce projet vise \u00e9galement \u00e0 d\u00e9montrer que cette nouvelle technologie pourrait remplacer plusieurs tests aujourd\u2019hui n\u00e9cessaires, rendant le diagnostic plus rapide et plus exhaustif. Il s\u2019agit donc d\u2019un pas important vers une m\u00e9decine plus personnalis\u00e9e et efficace pour des cancers encore difficiles \u00e0 traiter.<\/p>\n<p>[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][vc_tta_section title=&#8221;S\u00e9quen\u00e7age haute-fid\u00e9lit\u00e9 du g\u00e9nome complet pour d\u00e9tecter l\u2019ADN tumoral circulant et caract\u00e9riser le mosa\u00efcisme somatique&#8221; tab_id=&#8221;1768229341444-a721d198-9a14&#8243;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Dr T. Hirsch<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipe<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00ab G\u00e9nomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides (FunGEST) \u00bb, Centre de Recherche des Cordeliers<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p class=\"p1\">Le cancer est une maladie qui \u00e9volue en accumulant progressivement des modifications dans l\u2019ADN des cellules. Certaines de ces modifications sont tr\u00e8s rares et difficiles \u00e0 d\u00e9tecter, mais elles peuvent pourtant jouer un r\u00f4le cl\u00e9 : annoncer un risque de rechute, signaler qu\u2019un traitement devient inefficace ou r\u00e9v\u00e9ler des anomalies d\u00e9j\u00e0 pr\u00e9sentes dans les tissus sains. Les m\u00e9thodes classiques de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome ne permettent pas d\u2019identifier ces mutations rares, car elles produisent trop d\u2019erreurs de lecture. Le projet propos\u00e9 vise \u00e0 introduire en France une nouvelle technologie de s\u00e9quen\u00e7age beaucoup plus pr\u00e9cise, appel\u00e9e ppmSeq, capable de rep\u00e9rer des mutations pr\u00e9sentes dans moins d\u2019une cellule sur 1 million.<\/p>\n<p class=\"p1\">Cette technologie sera appliqu\u00e9e \u00e0 trois situations. D\u2019abord, chez les patients atteints d\u2019un cancer du c\u00f4lon, nous chercherons \u00e0 d\u00e9tecter dans le sang des traces infimes d\u2019ADN tumoral apr\u00e8s la chirurgie. Ces informations pourraient permettre d\u2019identifier plus t\u00f4t les patients \u00e0 risque de r\u00e9cidive et d\u2019adapter leur suivi. Ensuite, chez les enfants atteints d\u2019h\u00e9patoblastome, nous analyserons le sang pour rep\u00e9rer une signature laiss\u00e9e par le cisplatine, un m\u00e9dicament de chimioth\u00e9rapie. L\u2019apparition pr\u00e9coce de cette signature pourrait signaler une r\u00e9sistance au traitement. Enfin, nous \u00e9tudierons des tissus h\u00e9patiques non tumoraux pour d\u00e9tecter de petites populations de cellules porteuses d\u2019anomalies g\u00e9n\u00e9tiques, nomm\u00e9es mosa\u00efques, susceptibles de contribuer \u00e0 certaines maladies du foie.<\/p>\n<p class=\"p1\">\u00c0 terme, ce projet pourrait am\u00e9liorer le suivi des patients, affiner les traitements et mieux comprendre l\u2019origine de certaines maladies h\u00e9patiques.<\/p>\n<p>[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][vc_tta_section title=&#8221;Cartographie spatiale du m\u00e9tabolisme tumoral par imagerie DESI-MSI en 2D&#8221; tab_id=&#8221;1768230082924-1c11cb13-875b&#8221;][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]<span style=\"color: #800080;\"><em>Porteur de projet<\/em>:<\/span><br \/>\n<strong>Dr J. Favier,\u00a0 Dr T. Hirsch, Dr A. Gougelet<br \/>\n<\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>\u00c9quipes<\/em>:<\/span><br \/>\n<em>\u00ab Equipe G\u00e9n\u00e9tique et M\u00e9tabolisme des cancers rares, Equipe G\u00e9nomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides, Equipe Fonctions Oncog\u00e9nique de la B-catenine dans le foie \u00bb, Centre de Recherche des Cordeliers<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #800080;\"><em>R\u00e9sum\u00e9 grand public<\/em>:<\/span><\/p>\n<p class=\"p1\">Les cancers sont des maladies tr\u00e8s complexes, compos\u00e9es de diff\u00e9rentes zones qui n\u2019ont pas toutes les m\u00eames caract\u00e9ristiques ni le m\u00eame comportement. Pour mieux comprendre cette diversit\u00e9 interne, il devient essentiel de pouvoir observer directement, dans les tissus, comment les cellules utilisent et transforment les mol\u00e9cules dont elles ont besoin pour vivre. La \u00ab m\u00e9tabolomique spatiale \u00bb est une nouvelle technologie qui permet justement de cartographier les mol\u00e9cules pr\u00e9sentes dans un tissu, un peu comme une carte qui montrerait o\u00f9 se trouvent les graisses, les sucres ou les m\u00e9dicaments dans une tumeur. La technique utilis\u00e9e ici, appel\u00e9e DESI, analyse les tissus sans pr\u00e9paration lourde et garde intacte l\u2019organisation des cellules. Cela permet de voir, zone par zone, comment les tumeurs fonctionnent vraiment.<\/p>\n<p class=\"p1\">Dans ce projet, nous voulons tester l\u2019int\u00e9r\u00eat de cette technologie sur trois types de tumeurs particuli\u00e8rement difficiles \u00e0 \u00e9tudier :<\/p>\n<p class=\"p1\"><span class=\"s1\">\u2022 <\/span><i>les tumeurs du rein papillaires<\/i>, o\u00f9 nous cherchons \u00e0 comprendre pourquoi certaines deviennent agressives alors que d\u2019autres restent localis\u00e9es ;<\/p>\n<p class=\"p1\"><span class=\"s1\">\u2022 <\/span><i>l\u2019h\u00e9patoblastome<\/i>, un cancer du foie de l\u2019enfant tr\u00e8s h\u00e9t\u00e9rog\u00e8ne ;<\/p>\n<p class=\"p1\"><span class=\"s1\">\u2022 <\/span><i>le carcinome h\u00e9patocellulaire<\/i>, le cancer du foie le plus fr\u00e9quent chez l\u2019adulte, dont certaines formes d\u00e9pendent fortement d\u2019une voie mol\u00e9culaire particuli\u00e8re (Wnt\/\u03b2- cat\u00e9nine).<\/p>\n<p class=\"p1\">Pour chacun de ces cancers, nous disposons d\u00e9j\u00e0 de donn\u00e9es tr\u00e8s pr\u00e9cises obtenues par d\u2019autres techniques, comme l\u2019analyse de l\u2019expression des g\u00e8nes dans les tissus. Ajouter la m\u00e9tabolomique spatiale permettra d\u2019obtenir une vision beaucoup plus compl\u00e8te du fonctionnement r\u00e9el des tumeurs. Ce projet pourrait ouvrir la voie \u00e0 de nouveaux biomarqueurs, \u00e0 une meilleure compr\u00e9hension des m\u00e9canismes de progression tumorale, et \u00e0 terme \u00e0 des strat\u00e9gies th\u00e9rapeutiques mieux <span class=\"s2\">cibl\u00e9es pour les patients. <\/span><\/p>\n<p>[\/vc_column_text][\/vc_tta_section][\/vc_tta_accordion][vc_separator border_width=&#8221;4&#8243;][\/vc_column][\/vc_row]<\/p>\n<\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>[vc_row][vc_column][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]D\u00e9couvrez les laur\u00e9ats de notre dernier appel \u00e0 projets 2025[\/vc_column_text][vc_separator&#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":31782,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[313],"tags":[],"class_list":{"0":"post-32929","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","5":"has-post-thumbnail","7":"category-call-for-projects-applications"},"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v27.2 - https:\/\/yoast.com\/product\/yoast-seo-wordpress\/ -->\n<title>Results for AAP Emergence &amp; 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