Dès sa constitution, l’Institut Cochin a mis en place un plateau technique de microanalyse des protéines. Il a ensuite fortement contribué à l’installation de la plate-forme de protéomique de l’Université Paris Descartes (3P5) qu’il héberge dans ses locaux. Les activités de la plate-forme de protéomique de l’Institut Cochin et celles de la plate-forme protéomique universitaire sont complémentaires et sont désormais fusionnées sous le terme de : Plateforme Protéomique de l’Université Paris Descartes (3P5).

Elle regroupe des appareils et le personnel de la plate-forme de protéomique de l’Institut Cochin qui développe des techniques d’analyse des protéomes essentiellement basées sur l’électrophorèse bidimensionnelle ainsi que le personnel de la plate-forme protéomique de l’Université Paris Descartes et ses appareils de spectrométrie haute performance pour l’identification et la microanalyse des protéines. La plate-forme 3P5 réalise des identifications de protéines en solution ou à partir de fragments de gels d’électrophorèse, des analyses de modifications post-traductionnelles (acétylation, hydroxylation, méthylation, phosphorylation, etc.) et des analyses quantitatives comparées de protéomes complexes. La plate-forme 3P5 est labellisée par le GIS-IBISA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie).