Oncogenetics platform
Plateforme d’Oncogénétique
’identification d’altérations moléculaires au sein des cellules tumorale a permis la mise en évidence de nouveaux biomarqueurs. La découverte de ces biomarqueurs et une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le processus tumoral a accéléré le développement de traitements ciblés dans le domaine de la cancérologie. Ainsi ces biomarqueurs moléculaires sont devenus indispensables dans le processus de prise en charge du patient que ce soit au niveau du diagnostic, de la classification histologique de la tumeur, de l’orientation thérapeutique mais aussi dans la surveillance du traitement.
Afin d’anticiper ce besoin de santé émergent, l’INCa a mis en place depuis 2006 un programme spécifique pour soutenir pour la structuration de la génétique moléculaire sur le plan national. Pour répondre à cet objectif, 28 plateformes soutenues par l’INCa et la DGOS ont vu le jour sur l’ensemble du territoire.
Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers
Dès 2006, l’APHP a développé une plateforme de génétique moléculaire de cancers regroupant 21 laboratoires de biologie moléculaire et d’hématologie. En 2010, l’AP-HP a intégré les laboratoires d’anatomocytopathologie, assurant le diagnostic et contribuant à établir le pronostic, créant ainsi la plateforme d’oncologie et de pathologie moléculaire des cancers, ONCOMOLPATH pour ONCOlogy and MOLecular PATHology. Ainsi l’AP-HP, impliquant ses Groupes Hospitaliers, met à disposition une plateforme multisites accessible à l’ensemble des prescripteurs et pathologistes franciliens.
Le bilan de l’activité des plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers pour l’année 2011, publié en décembre 2012 par l’INCa montre que l’AP-HP reste la première plateforme d’analyse pour :
- Cancer digestif : KRAS, BRAF et MSI ;
- Cancer du poumon : EGFR, KRAS ;
- Mélanome : BRAF et KIT ;
- Onco-Hématologie (Leucémie Myéloïde Chronique) : BCR-ABL…
- activite kras
Évolution de l’activité KRAS dans les cancers colorectaux par plateforme
L’activité de la plateforme ONCOMOLPATH n’a cessé de progresser, ainsi une augmentation globale de 38% pour les tumeurs solides et de 16,5% pour les hémopathies par rapport à 2011 est notée.
Quatre plateformes reconnues sur le plan national quant à leur activité ont été intégrées au CARPEM : les plateformes d’oncologie moléculaire de l’Hôpital Européen Georges Pompidou et de l’hôpital Cochin ainsi que les plateformes d’hématologie biologique des hôpitaux de Cochin et Necker. Ces structures sont dédiées à la caractérisation des altérations génétiques somatiques des tumeurs solides – essentiellement pour les cancers digestifs, pulmonaires, urologiques, cutanés – et hématologiques. Ces laboratoires de biologie pathologiques, hématologiques et moléculaires travaillent ensemble afin de traduire rapidement les innovations en termes de biomarqueurs diagnostiques, pronostiques et théranostiques dans la prise en charge clinique des patients.
1/ Oncologie moléculaire - Hôpital Européen Georges Pompidou et hôpital Cochin
Ces hôpitaux effectuent plus d’un tiers des tests moléculaires pour les cancers du côlon et du poumon et se placent, sur le plan national, au premier rang en termes d’activité. Ces plateformes ont notamment en charge la caractérisation des altérations suivantes :
- mutation
- recherche de mutation sur les gènes KRAS, EGFR, BRAF, HER2, ß-caténine, LKB1, NRAS
- recherche d’une perte allélique sur 17p,
- caractérisation des translocations ALK-EML4 et ROS1,
- recherche d’amplification sur les gènse HER2 et cMET.
C’est dans la recherche des mutations de KRAS dans les cancers colorectaux que le développement de l’activité de ces plateformes a été le plus spectaculaire. En effet en 2006, la mise en évidence des mutations de l’oncogène KRAS dans la réponse aux thérapies anti-EGFR dans le cancer colorectal métastatique par l’équipe du Pr Pierre Laurent-Puig a changé la prise en charge thérapeutique de ces patients. Ainsi la détermination du statut mutationnel du gène KRAS est devenue une étape incontournable du bilan pré-thérapeutique initial. Pierre Laurent-Puig coordonne au niveau national le « Programme de soutien au techniques innovantes coûteuses (STIC-MOKAECM) ».
Membres de la plateforme d’Oncologie Moléculaire (Tumeurs Solides) : Marie-Anne Loriot (PU-PH), Hélène Blons (MCU-PH), Pierre Laurent-Puig (PU-PH), Tchao Meatchi (PH), Laure Gibault (PH), Cecile Badoual (MCU-PH), Eric Clauser (PU-PH), Dr M.O. North (PHA) et Dr N. Hamzaoui (PHA), Benoit Terris (PU-PH), Diane Damotte (PU-PH), Thierry Molina (PU-PH).
2/ Onco-hématologie - Hôpitaux de Cochin et de Necker
Ces hôpitaux ont coordonné leurs activités de manière complémentaire :
- la plateforme spécialisée dans les leucémies lymphoïdes se situe au sein de l’Hôpital Necker. Le Pr Elizabeth Macintyre et son équipe travaillent en étroite collaboration avec les groupes coopératifs cliniques nationaux impliqués dans les Leucémies Aiguës Lymphoblastiques (LAL) et
lymphomes, comme le GRAALL (Group for Research in Adult Acute Lymphoblastic Leukemia), LYSA (LYmphoma Study Association). Cette équipe fait également partie de plusieurs actions européennes comme EuroMRD (European network for PCR-base Minimal Residual Disease diagnostics), EuroClonality (caractérisation moléculaire des immunoglobulines et des TCR dans les proliférations lymphoïdes), Euroflow (cytometrie multiparamètrique) et Blueprint (épigénétique des cellules hématopoïétiques).
- La plateforme spécialisée dans les hémopathies myéloïdes est située à l’Hôpital Cochindans le service d’hématologie biologique du Pr. M Fontenay. En collaboration avec les groupes coopérateurs nationaux, le Groupe Français des Myélodysplasies (GFM) et le Groupe Ouest-Est des Leucémies Aiguës et Maladies du Sang (GOELAMS), et internationaux l’European Leukemia Network (ELN) et l’International Working Group-Prognosis Myelodysplasia (IWG-PM), l’équipe est impliquée dans le diagnostic et la recherche translationnelle des Leucémies Aiguës Myéloblastiques (LAM), MyéloDySplasies (MDS) et le diagnostic des syndromes myéloprolifératifs (LMC, SMP hors LMC). Les cellulothèques du service et du GOELAMS sont labellisées par l’INCa. Le diagnostic moléculaire est réalisé selon des techniques standard (BCR-ABL, JAK2, CALR, FLT3-ITD, NPM1, WT-1) ou par séquençage nouvelle génération (TET2, ASXL1, EZH2, IDH1/2, DNMT3A, TP53, RUNX1, ETV6, CBL, N/KRAS, SF3B1, SRSF2, ZRSR2, U2AF1) sur la plateforme de diagnostic AP-HP/INSERM de l’Hôpital Cochin (12 patients par mois).
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